La fonction d’Administrateur est exercée alternativement par la RATP et la SNCF. L’Administrateur délègue ses pouvoirs au Directeur du Groupement, désigné d’un commun accord entre les membres du groupement. Le Directeur du Groupement a, de ce fait, la responsabilité du pilotage de l’entreprise, et en répond auprès de l’Assemblée Générale.
Des commissions métiers assurent le suivi opérationnel des principales missions du groupement, animées par le responsable métier Comutitres, et composées d’un intervenant référent de chaque transporteur.