C’est la création de la carte imagine R en 1998 qui est à l’origine de la création de Comutitres.
RATP, SNCF et OPTILE décident alors de constituer un GIE (Groupement d’Intérêt Economique) sans capital ayant pour objet d’assurer, pour leur compte, la gestion financière et le pilotage des prestataires sous-traitants du titre imagine R et, ultérieurement, d’autres titres de transport.
Comutitres gère aujourd'hui plus de 4 millions de clients pour les produits Navigo Annuel (anciennement Intégrale), Navigo Mois Semaine, et imagine R.
2001 : Comutitres assure la gestion opérationnelle d’imagine R au travers d’un prestataire responsable du Système d’Information et de la Relation Client.